Girdžiai 1554 m. dovanoti Veliuonos klebonui (nuo 1842 m. valstybinė valda). Apie 1809 m. pastatyta medinė koplyčia. Vyskupas Motiejus Valančius 1853 m. prašė valdžios leisti suremontuoti apleistą Girdžių koplyčią ir laikyti joje pamaldas. Nurodė, kad prieš 30 metų čia nuolat gyveno kunigas. Gavus leidimą vietos gyventojai koplyčią 1858 m. perstatė.
Po Pirmojo pasaulinio karo klebonas Albinas Alseika su parapijiečiais pradėjo statyti medinę bažnyčią. Pastatė 1926 m. Ji buvo Jurbarko parapijos filija, vėliau įsteigta parapija. Girdžiai garsėjo Šv. Onos atlaidais.
Įdomu tai, kad bažnyčia pavadinta Marijos Magdalietės vardu, o ne Švč. Mergelės Marijos vardu, kas yra labiau įprasta Lietuvoje. Tai rodo stipresnį ryšį su Evangelijos pasakojimu apie atleidimą ir naują pradžią, kurią simbolizuoja Magdalietė. Vietiniai pasakojimai mini, kad per didelius išbandymus, pavyzdžiui, karo metais, tikintieji ypač stipriai meldėsi šiai šventajai, tikėdami jos užtarimu. Ši bažnyčia ilgai išlaikė mažos, bet stiprios bendruomenės šventovės aurą.