Kunigo Vincento Jarulaičio rūpesčiu 1920 m. pastatyta dabartinė bažnyčia, 1921 m. – klebonija. Bažnyčiai 1937 m. buvo pakeisti supuvę rąstai, paaukštintas bokštas. Klebonas Gerardas Dunda už partizanų rėmimą 1947 m. spalio mėnesį areštuotas.
Juodeikių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios statyba 1920 metais – tai liudijimas gyvos tikėjimo kibirkštėlės, kurią ugdė kunigas Vincentas Jarulaitis. Švento Jono Krikštytojo, pirmtako ir pranašo, vardas, suteiktas šiai bažnyčiai, simbolizuoja atgailą ir pasiruošimą priimti Kristų. Bažnyčios statyba ir klebonijos įrengimas 1921 metais rodo bendruomenės ryžtą puoselėti dvasinį gyvenimą, net ir sudėtingomis istorinėmis aplinkybėmis. 1937 metų remonto darbai, pakeičiant supuvusius rąstus ir paaukštinant bokštą, byloja apie nuolatinį rūpestį šventyklos išsaugojimu – tarsi simbolinį pastangų išlaikyti tikėjimą ir dvasinę stiprybę.
Klebono Gerardo Dundos likimas, susijęs su partizanų rėmimu, atspindi sudėtingą moralinį pasirinkimą, kai tikėjimas ir meilė artimui susiduria su ideologiniu spaudimu. Prisiminkime Jėzaus žodžius iš Evangelijos pagal Matą: „Aš buvau alkanas, ir jūs mane pavalgindinote; buvau ištroškęs, ir jūs mane pagirdinote; buvau svetimas, ir jūs mane priglaudėte; buvau apnuogintas, ir jūs mane aprengėte; buvau ligotas, ir jūs mane aplankėte; buvau kalėjime, ir jūs atėjote pas mane“ (Mt 25, 35–36). Klebono Dundos veiksmai galėjo būti interpretuojami kaip šių žodžių įgyvendinimas praktikoje, nors ir su riziką savo gyvybei. Bažnyčia, kaip Dievo namas, visada buvo ir tebėra prieglobstis tiems, kurie ieško vilties ir pagalbos, o kunigo pareiga – būti šalia savo tikinčiųjų, nepriklausomai nuo aplinkybių. Juodeikių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia, su savo istorija ir išbandymais, liudija tikėjimo tvirtumą ir žmonių atsidavimą savo religijai.