Verdainės bažnyčia pastatyta 1566 m. Verdainėje. Spėjama, kad pirmoji bažnyčia, pastatyta evangelikų liuteronų, buvo medinė, dengta šiaudais. 1587 m. Verdainėje apsigyveno nuolatinis kunigas, bet tada Verdainė buvo Rusnės parapijos filija. 1697 m. Hercogas Frydrichas III, 1701 m. pasiskelbus Prūsijos karaliumi Frydrichu I, sakė kuo greičiau pastatyti Verdainėje mūrinę bažnyčią vietoj senosios bažnytėlės. Tik 1707 m. prasidėjo naujosios bažnyčios statyba. 1709 m kilus marui ir statybą nutraukė. 1718 m. pastatyta nauja bažnyčia. Po Septynerių metų karo 1757 m. Rusijos kariuomenės sudegino bažnytinius trobesius, apiplėšė bažnyčią, sunaikino vargonus ir visus bažnyčios suolus. 1847 m. buvo pastatyta erdvi mūrinė bažnyčia dviem eilėm langų. Ji buvo stačiakampė su gaubta apsida, be bokšto. Du varpai buvo įrengti tam tikroje pastogėje. XIX a. pabaigoje Verdainės parapija buvo gana didelė. Joje buvo 9000 parapijiečių evangelikų,iš jų 6000 lietuvių. 1944 m. spalio mėn karo frontas priartėjo prie Šilutės. Praūžus karo audrai, likusieji evangelikai vėl rinkdavosi į šią bažnyčią. Bet 1950 m. valdžia bažnyčią uždarė ir sumanė ją paversti linų apdirbimo fabriku. Linų fabrikas pradėjo veikti 1956 m., bet jau 1961 m. jis sudegė. Išliko katilinė, vandens bokštas ir buvusios bažnyčios sienos. 1969 m. pavasarį fabriką uždarė. 1974 m. ėmė kurtis Kauno audimo fabriko "Drobė" skyrius.
Verdainės bažnyčią ištiko panašus likimas, kaip ir Jeruzalės žydų šventyklą. Ten dar iki šio išliko sienos likučiai, vadinamoji Raudų siena, prie kurios kasmet žydai susirenka apverkti liūdnos savo praeities. O Verdainės bažnyčios nebeliko ir žymės. Ir kiekvienas bet kurios tikybos ar kai kurių pažiūrų lietuvis su pagarba ir širdgėla prisimins šią vietą.