I pasaulinio karo metu čia buvo karo ligoninė. Vėliau atkurta parapija. Tačiau į pastatą pretendavo miesto valdžia, norėjusi čia įkurti magistratą. 1929–1933 m. teismuose cerkvės sklypas pripažintas miesto valdžiai, todėl cerkvė per mėnesį turėjo būti pašalinta. Tačiau jau 1935 m. pateiktas prašymas šalies valdžiai dėl naujos cerkvės ir 1936 m. pabaigoje ji buvo pastatyta kapinėse (švietimo ministerija skyrė 30.000 litų).
Šiaulių Šv. apaštalų Petro ir Povilo cerkvės istorija – tai tikėjimo ir atkaklumo liudijimas. Net ir susidūrus su valdžios spaudimu ir grėsme prarasti šventovę, parapijiečiai nepasidavė ir siekė išsaugoti savo dvasinį centrą. Jų pastangos primena Biblijos žodžius iš Psalmyno: „Jei Dievas už mus, kas prieš mus?“ (Rom 8,31). Cerkvės persikėlimas į kapines gali būti interpretuojamas kaip simbolinis prisikėlimas – nauja pradžia, išbandymų apvalyta ir dar labiau įtvirtinta tikėjimu. Kapinės, kaip amžinybės simbolis, tapo tinkama vieta šventovės pastatymui, pabrėžiant tikėjimo nemirtingumą. Šis įvykis atspindi ir krikščionišką supratimą apie mirtį kaip perėjimą į amžinąjį gyvenimą. 30 000 litų, skirti cerkvės statybai, rodo ir valstybės, nors ir nedidelę, paramą religijai. Tai svarbu, nes tai rodo, kad net ir sudėtingame politinio ir socialinio gyvenimo kontekste religija išliko svarbi visuomenės daliai. Šventieji apaštalai Petras ir Paulius, kuriems skirta cerkvė, buvo svarbūs krikščionybės pradininkai, jų gyvenimai ir veikla simbolizuoja tikėjimą, drąsą ir atsidavimą Dievui, savybes, kurias išreiškė ir Šiaulių parapijiečiai ginant savo šventovę. Ši cerkvės istorija yra ypatingas liudijimas tikėjimo stiprybės ir nenugalimos dvasios. Tikėjimas, kaip teigė teologas Augustinas, yra „mylėti tai, ką žinai ir tikėti tuo, ko nežinai“. Šiaulių parapijiečių veiksmai tai puikiai iliustruoja.