Pakražančio dvaro savininkai Bonaventūras ir Marijona Kiaunarskiai 1764 m. pastatė medinę bažnyčią. 1879 m. sudegė. Vidaus reikalų ministerija 1880 m. leido statyti naują akmenų mūro. 1891 m. žaibas uždegė bažnyčią. Ji 1894 m. suremontuota. 1921 m. įkurta parapija.
Pakražančio Švč. Mergelės Marijos bažnyčios istorija – tai liudijimas tikėjimo tvirtumo ir atkaklumo prieš išbandymus. Du kartus sunaikinta ugnies – 1879 ir 1891 metais – ji vėl buvo atstatyta, tarsi feniksas iš pelenų kylantys iš naujo. Šie įvykiai primena Biblijos istorijas apie Dievo ištikimybę ir žmogaus tikėjimo stiprybę netgi susiduriant su didžiausiomis nelaimėmis. „Nes aš esu Viešpats, tavo Dievas, kuris tave laiko už rankos ir sako tau: Nebijok, Aš tau padėsiu“ (Izaijo 41:13). Atstatyta bažnyčia tapo ne tik maldos namais, bet ir gyvu liudijimu apie Dievo gailestingumą ir žmonių ryžtą išlaikyti savo tikėjimą.
Įdomu, kad bažnyčios pašventinimas Švč. Mergelei Marijai pabrėžia jos ypatingą vaidmenį krikščionių tikėjime – kaip Dievo Motinos, užtarėjos ir dangiškojo globėjos. Marijos asmenybė, apipinta daugybe legendų ir tradicijų, visada buvo įkvėpimo šaltinis menininkams, poetams ir teologams. Šv. Augustinas rašė apie Marijos svarbą kaip dangiškojo tarpininkės, o šiuolaikiniai teologai pabrėžia jos vaidmenį kaip tikėjimo pavyzdžio. Pakražančio bažnyčia, atlaikiusi gaisrus ir išbandymus, liudija ne tik žmonių tikėjimą, bet ir Dievo apvaizdą, kuri saugo ir palaiko netgi sunkiausiomis aplinkybėmis. Bažnyčios istorija yra tylus, bet galingas Dievo meilės ir žmogaus tikėjimo dialogas. Ji yra gyvas paminklas, bylojantis apie dvasios stiprybę ir neblėstančią viltį.