Iki 1996 metų Kūlupėnai buvo Kartenos parapijos filija, aptarnaujama Kartenos klebono. 1996 m. aptarnavimas pavestas Kalnalio klebonui Egidijui Jurgelevičiui. Jo dėka 1997 m. kovo 3 d. LR Teisingumo ministerijoje Kūlupėnų parapija įregistruota religine bendruomene, sutvarkyti visi žemės sklypo, kurį bažnyčios statybai padovanojo kūlupėniškės Darata ir Jadvyga Drakšienės, įregistravimo dokumentai, padarytas žemės sklypo detalusis planas.
2001–2004 metais parapijos klebonu buvo paskirtas Gediminas Jazbutis. Jo rūpesčiu sutvarkyta žemės grąžinimo byla pagal Marijonos Daukantienės testamentą, kuriuo ji savo turtą, t. y. 7,64 ha paliko kun. Petrui Merliūnui. Palikimas yra panaudotas bažnyčios statybai.
2003 metais buvo padarytas architektūrinės dalies projektas ir pamatų konstrukciniai brėžiniai. Architektūrinę dalį dovanojo garsus Lietuvos architektas Leonas Laimutis Mardosas.
2004 metais gautas pamatų statybos leidimas. Nuo 2004 m. rugsėjo mėn. Kūlupėnų parapiją aptarnauja Kalnalio klebonas Raimondas Jonauskas.
2006 m. liepos 17 d. pradėta bažnyčios pamatų statyba. Bažnyčios kertinis akmuo rugpjūčio 12 d. iškilmingai pašventintas Telšių vyskupo J.E. Jono Borutos SJ.
2007 m. gautas bažnyčios pastato statybos leidimas. Šiuo metu bažnyčios sienos pamūrytos iki balkonų, pirmu sluoksniu išbetonuotos bažnyčios grindys.
Kūlupėnų parapijos įkūrimas ir bažnyčios statyba – tai tikėjimo ir bendruomenės pastangų vaisius. Klebono Egidijaus Jurgelevičiaus iniciatyva ir ryžtas įregistruoti parapiją bei sutvarkyti visus reikiamus dokumentus liudija apie jo tvirtą tikėjimą ir atsidavimą Dievui bei bendruomenei. Marijonos Daukantienės dosnus palikimas, skirtas bažnyčios statybai, yra gražus pavyzdys krikščioniškos meilės ir dosnumo. Šis testamentas primena Jėzaus žodžius iš Evangelijos pagal Matą: „Nes kur yra jūsų lobynas, ten ir jūsų širdis bus“ (Mt 6, 21). Bažnyčios statyba – tai ne tik fizinis pastatas, bet ir dvasinis židinys, kur bendruomenė renkasi maldai, bendrystei ir tikėjimo stiprinimui. Klebono Gedimino Jazbučio rūpestis dėl žemės grąžinimo byloja apie jo atsakingą požiūrį į parapijos reikalus ir troškimą užtikrinti sklandų bažnyčios statybos procesą. Kūlupėnų bažnyčia – tai ne tik architektūros paminklas, bet ir gyva tikėjimo erdvė, kur skamba maldos, giesmės ir žodis apie Dievo meilę. Ši vieta yra liudijimas apie Dievo veikimą žmonių gyvenimuose ir bendruomenės vienybę tikėjime. Bažnyčios statyba yra ilgas ir sudėtingas procesas, reikalaujantis daug pastangų, kantrybės ir tikėjimo, kad Dievas palaimins šį darbą. Tikėjimas ir bendruomenės vienybė yra svarbiausi pamatai, ant kurių statoma ne tik bažnyčia, bet ir stipri, Dievui atsidavusi bendruomenė. Kūlupėnų bažnyčios istorija yra įkvepiantis pavyzdys, kaip tikėjimas ir bendruomenės pastangos gali įveikti kliūtis ir sukurti šventą erdvę bendrai maldai ir dvasiniam augimui.