Penitenciarija – viena seniausių ir įdomiausių Katalikų Bažnyčios institucijų, kurios ištakos siekia viduramžius. Pavadinimas kilęs iš lotynų kalbos žodžio poenitentia, reiškiančio „atgailą“ arba „atgailos atlikimą“. Tai buvo Bažnyčios skyrius, kuris nagrinėjo reikalus, susijusius su nuodėmių išrišimu, atlaidais ir įvairiomis dvasinėmis privilegijomis, ypač tokiais atvejais, kurie viršijo eilinių nuodėmklausių kompetenciją.
Didžioji Apaštališkoji Penitenciarija (Sacra Paenitentiaria Apostolica) formaliai įkurta kaip savarankiška Romos kurijos institucija XIII a., popiežiaus Inocento III laikais, nors tam tikros jos funkcijos egzistavo jau nuo VI–VII a. Pradžioje tai buvo paprastas popiežiaus dvasinis patarėjas nuodėmių ir atgailos klausimais, tačiau greitai tapo galingu teisiniu organu.
Penitenciarijos pagrindinė užduotis buvo spręsti vadinamuosius rezervuotus atvejus – sunkius nusižengimus ar nuodėmes, kurių negalėjo išrišti paprasti kunigai. Pavyzdžiui, jei kas nors buvo kaltas dėl šventvagystės, kunigo nužudymo ar net erezijos, reikėjo kreiptis į Penitenciariją, kuri spręsdavo, kokią atgailą skirti arba ar galima suteikti išrišimą.
Institucija taip pat rūpinosi įvairių rūšių indulgencijų suteikimu, santuokos kliūčių dispensacijomis ir kitais klausimais, kurie turėjo tiek dvasinę, tiek kartais net politinę reikšmę. Ypač viduramžiais Penitenciarija tapo labai svarbi piligrimams, riteriams ir dvasininkams, kurie vykdavo į kryžiaus žygius ar svarbias misijas ir prašydavo dvasinių privilegijų ar atleidimų.
Ši institucija turėjo įtakos net sekuliariame gyvenime. Pavyzdžiui, garsus atvejis – Anglijos karalius Henrikas VIII. Kai jis siekė anuliuoti savo santuoką su Ispanijos karaliaus dukra Kotryna Aragiete, teisinius ir moralinius klausimus pirmiausia sprendė Penitenciarija. Nors šį reikalą galų gale perėmė kiti Romos kurijos teismai, Penitenciarija parodė, kad tokie dvasiniai klausimai dažnai įgydavo geopolitinę reikšmę.
Citata iš XIV a. popiežiaus Klemenso VI bulės rodo Penitenciarijos autoritetą: „Kas pasiekia mūsų ausis apie tikinčiųjų sielų vargus, turi būti ištirtas ne su kerštu, o su Dievo gailestingumu.“ Tai atspindi Penitenciarijos paskirtį ne tik teisti, bet ir ieškoti atgailos bei gailestingumo sprendimų.
Nors Renesanso laikais Penitenciarija buvo kritikuojama dėl kai kurių dvasinių privilegijų komercializavimo, Tridento susirinkimas XVI a. patvirtino jos svarbą ir reformavo jos veiklą. Institucija išgyveno Bažnyčios krizės, Apšvietos iššūkius ir net XIX a. revoliucinius judėjimus.
Šiandien Didžioji Apaštališkoji Penitenciarija vis dar veikia Vatikane. Ji sprendžia kai kuriuos ypatingus nuodėmių atleidimo atvejus (pvz., bandymus nužudyti popiežių) ir koordinuoja atlaidų skyrimą per jubiliejinius metus ar kitas ypatingas progas. Nors šiuolaikinė visuomenė mažiau žino apie jos veiklą, tai yra viena iš nedaugelio viduramžių institucijų, kurios išlaikė savo funkcijas iki XXI a.