Kunigas Antanas Gelžinis gyvenamajame name įrengė altorių ir 1913 m. laikė pamaldas. Per Pirmąjį pasaulinį karą į Grūžius atvyko kunigas Mikalojus Šeižys-Dagilėlis. Jo rūpesčiu paremontuotas buvusio Kalneliškių (Didžiųjų Grūžių) dvaro svirnas ir jame laikytos pamaldos. Kunigo Juozapo Mazūro iniciatyva 1921–1924 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia (J. Skripkaus projektas).
1928–1932 m. įrengti altoriai. Parapijos administratoriaus kunigo Vincento Švagždžio rūpesčiu 1937 m. įrengtas didysis altorius (meistras Vladas Čižauskas), 1938 m. – nauji vargonai, pakabinti 2 varpai. Klebonas Alfonsas Kadžius 1949 m. rugsėjo 4 d. suimtas, kalintas Vorkutoje. Į Lietuvą grįžo 1957 m.
1996 m. rugpjūčio 25 d. bažnyčia sudeginta. Nauja bažnyčia įrengta nebaigtuose statyti kolūkio kultūros namuose 200 m² ploto su metaliniu 30 m aukščio bokštu (architektas Algirdas Mikėnas). Pagrindiniame altoriuje kryžiaus formos vitražus sukūrė dailininkas Artūras Rimkevičius. 2001 m. rugpjūčio 12 d. bažnyčią pašventino Panevėžio vyskupas Juozapas Preikšas.
Grūžių Švč. Mergelės Marijos bažnyčios istorija – tai tikėjimo ir atkaklumo liudijimas, kupinas išbandymų ir atgimimo. Nepaisant karo audrų ir sovietų represijų, tikėjimas nepalūžo. Kunigo Alfonso Kadžiaus suėmimas ir tremtis Vorkutoje – skausmingas, bet ir įkvepiantis pavyzdys, primenantis krikščionių kančios kelią, apie kurį kalba ir patys Evangelijos: „Palaiminti jus, kai jus persekios dėl manęs, nes jūsų atlygis danguje didelis.“ (Mt 5, 12). Bažnyčios statyba, nors ir medinė, simbolizuoja tikėjimo tvirtumą ir norą sukurti šventą erdvę bendruomenės dvasiniam gyvenimui. Didysis altorius, sukurtas meistro Vlado Čižausko, tikriausiai buvo puoštas paveikslais, simbolizuojančiais svarbius religinius motyvus – Marijos gyvenimą, Kristaus kančią ir prisikėlimą. Vargonų garsai ir varpų skambesys, sklindantys iš šios bažnyčios, tikriausiai kvietė tikinčiuosius į maldą ir apmąstymus apie Dievo meilę. 1996 metų gaisras, sunaikinęs bažnyčią, – tai tragiškas įvykis, bet ne tikėjimo pabaiga. Atstatymo darbai, jei tokių buvo imtasi, galėtų būti suprantami kaip tikėjimo prisikėlimo simbolis, kaip naujos vilties ženklas. Bažnyčios istorija byloja apie tai, kad tikėjimas išlieka net ir susidūrus su didžiausiais išbandymais, kaip sakoma Psalmyne: „Aš pakėliau akis į kalnus – iš kur ateis man pagalba? Mano pagalba ateina iš Viešpaties, kuris padarė dangų ir žemę.“ (Ps 121, 1-2). Ši istorija yra liudijimas apie neblėstančią tikėjimo galią ir žmonių atkaklumą.