Šalia buvusios bažnyčios 1624 m. pastatytas bernardinų vienuolynas. 1650 m. suręsta nauja medinė bažnyčia. Ji per 1702 m. miesto gaisrą sudegė. 1738 m. pastatyta nauja – medinė bažnyčia.
Bernardinų mūrinio vienuolyno (L formos) viena dalis pastatyta 1702 m., kita – 1762 m. Iš Kretingos perkelta mokykla, kurios mūrinis dviaukštis pastatas iškilo 1796 m.
1761 m. pradėta statyti mūrinė bažnyčia, 1794 m. konsekruota. 1802 m. sudaryta sutartis pastatyti priebažnytį ir 2 bokštus (pristatytas tik priebažnytis). 1853 m. uždarytas bernardinų vienuolynas.
Klebono J. Moncevičiaus rūpesčiu 1862 m. išmūrytas bažnyčios bokštas. Jau 1867 m. gautas valdžios leidimas remontuoti jį. 1881 m. gautas leidimas remontuoti audros apgriautą bokštą. Jis nugriautas ir pastatytas dabartinis. Architektas Piotras Serbinovičius 1893 m. suprojektavo šventoriaus tvorą ir vartus, 1896 m. parengė bažnyčios remonto projektą. Ji su pertraukomis remontuota iki 1914 m. Bažnyčioje sumontuoti garsaus lietuvių meistro Jono Garalevičiaus pagaminti vargonai. Įkūrus Telšių vyskupiją, bažnyčia 1926 m. tapo katedra.