Iš 1514 m. bažnyčios turtų patvirtinimo dokumento aiškėja, kad Švenčionyse pirmąją bažnyčią pastatė Lietuvos didysis kunigaikštis Vytautas. 1636 m. pastatyta nauja bažnyčia, 1743 m. atstatyta. Dėl jos senumo 1817 m. uždrausta laikyti pamaldas. Jos laikytos klebonijoje. Po 1818 m. bažnyčia atstatyta. Švenčionyse 1831 m. balandžio 10 d. žuvo Ceikinių finalistas Anupras Labutis, kovojęs sukilėlių būryje. Palaidotas Švenčionių bažnyčios šventoriuje. Bažnyčiai 1832 m. priklausė Kančiogino, Kulniškės ir Kunigiškių kaimai. Altarija tada turėjo palivarką ir 9 kaimus.
1853 m. bažnyčia atnaujinta. Valdžios siūlymu 1869 m. pamokslai, be lenkų kalbos, pradėti sakyti ir rusų kalba. 1876 m. leista apmūryti šventorių. 1889 m. suprojektuota mūrinė bažnyčia. Generalgubernatorius neleido statyti, nes projekte numatyta puošni jos išorė. 1892 m. projektas supaprastintas. Švenčionių stačiatikių dvasininkas pasiūlė neduoti leidimo bažnyčiai statyti, kol nebus pastatyta didinga cerkvė. Valdžia siūlymui pritarė. 1893 m. prašiusį leidimo asmenį Vilniaus generalgubernatorius įsakė nubausti 150 rb.
1895 m. užsakytas mūrinės cerkvės projektas ir leista statyti bažnyčią. Ji 1898 m. pastatyta ir 1900 m. vyskupo Stepono Aleksandro Žvėravičiaus konsekruota. 1914 m. pastatyti mūriniai parapijos namai su sale.
Švenčionyse 1894–1897 m. vikaravęs Ignotas Šopara (1864–1931) mokė parapijiečius giedoti lietuviškai, ragino namuose kalbėti gimtąja kalba. Kunigas Placidas Šarkauskas organizavo draudžiamų knygų gabenimą ir platinimą. Švenčionyse 1903–1909 m. klebonavęs Jonas Burba (1853–1915) rengė lietuviškus vakarus, skleidė blaivybės idėjas. Kunigų iniciatyva 1913 m. įsteigtas „Ryto“ draugijos skyrius. Klebonas Justinas Petronis su kitais 1919 m. pradžioje įsteigė lietuvių gimnaziją. Klebonas Nikodemas Vaišutis (Švenčionyse 1924–1928 m.) reikalavo lietuvių kalbos teisių bažnyčioje.