Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1586 m. Jai 1596 m. dovanoti Kielionių, Kvedariškių, Virkininkų kaimai, ežeras (kunigas privalėjo mokėti lietuviškai, įsteigti mokyklą). 1641 m. valdą padidino Jonas Alfonsas Lackis. Manoma, kad bažnyčią 1655 m. sudegino Rusijos kariuomenė.
1663 m. nauja bažnyčia pastatyta iki stogo. Užbaigta 1674 m. Parapijai 1744 m. priklausė 31 kaimas. Stakliškių seniūnas Juozapas Boufalas 1770–1776 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią, konsekravo Vilniaus pavyskupis Tomas Zenkavičius. 1818 m. audra suardė bažnyčios stogą, apgriovė bokštus. 1828 m. bokštai dar buvo neatstatyti.
1871 m. į Stakliškes iš Pagramančio (Telšių vyskupija) atkeltas klebonas Vincas Butvydas (buvo įkliuvęs Motiejaus Valančiaus knygnešių byloje). Jis Stakliškėse klebonavo 29 metus, kėlė gyventojų tautinį sąmoningumą. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
1925–1954 m. Stakliškėse klebonavo (vėliau altarista) Vladas Jezukevičius (1886–1956), (palaidotas šventoriuje), lietuvių atgimimo žadintojas, spaudos bendradarbis.