Šlavantuose 1822 m. pastatyta koplyčia, priklausiusi Veisiejų parapijai. 1880 m. koplyčia išardyta, nuvežta į Šventežerį. Dėl lenkų teroro kunigas Juozas Galeckas iš Kučiūnų pasitraukė ir 1919 m. nupirko Šlavantų dvarą. Jo rūpesčiu 1920 m. įkurta parapija (iš Lazdijų, Šventežerio ir Veisiejų parapijų dalies kaimų). Dvare J. Galeckas įrengė kleboniją, o iš kluono 1921 m. pastatė dabartinę bažnyčią, netoli jos – mokyklą.
1927 m. išparceliuoto Šlavantų dvaro žemėje susikūrė Gegutės ir Spartų kaimai. Bažnyčia liko Gegutės kaime. Dėl įsimetusio medienos grybo klebonas J. Juodviršis iki 1938 m. dalį bažnyčios perstatė. Šlavantuose 1974–1984 m. klebonavo Juozas Zdebskis (1929–1986), Lietuvos tikinčiųjų teisėms ginti komiteto steigėjas ir narys, apie 1970 m. ėmė rengti jaunimo susirinkimus religine ir patriotine tematika. Už šią veiklą valdžios persekiotas.