Mikalojus Jonavičius Kęsgaila 1523 m. testamentu dalį turto paliko Skirsnemunės bažnyčiai. Jai 1636 m. dovanotas Geišių kaimas, įsteigta parapija. 1791 m. pastatyta nauja bažnyčia. Po 1818 m. gaisro bažnyčia atstatyta. 1841 m. Skirsnemunėje gyveno 2 kunigai, parapijai priklausė 8 valakai ir 3 margai žemės.
Architektas Ustinas Golinevičius 1892 m. suprojektavo mūrinę bažnyčią. Valdžia 1896 m. leido ją statyti. Sutikęs prižiūrėti statybą inžinierius Nikolajus Andrejevas 1898 m. perdarė projektą. Pagal jį iki 1903 m. bažnyčia pastatyta. Ją 1919 m. konsekravo vyskupas Pranciškus Karevičius. Klebonas V. Semenavičius 1935 m. bažnyčią suremontavo.