1619 m. karaliaus revizoriai netoli Šiupylių, ant kalvos, išrinko vietą bažnyčiai ir skyrė jai Šiupylių kaimą (23 valakus). Fundacija 1623 m. patvirtinta. 1625 m. įsteigta parapija pavadinta Užmušiu. Bažnyčia 1799 m. ir 1846 m. atstatyta. Ji 1842 m. tapo filija.
1915 m. sudegė bažnyčia ir visi klebonijos trobesiai. Apie 1924 m. bažnyčia atstatyta. Ją statė broliai Adomas ir Juozas Valeikiai iš Vorelių kaimo.