Sedos dvare 1781 m. pastatyta koplyčia, kuri 1783 m. paplatinta, paaukštinta, pertvarkyta į bažnyčią, pristatyta varpinė. 1791 m. bažnyčiai paskirti 2 margai žemės. Bažnyčią 1793 m. gegužės 28 d. konsekravo pavyskupis Tadas Juozapas Bukatas. XIX a. pirmojoje pusėje ji buvo mokinių bažnyčia. Po 1863 m. liko be kunigo. Per miestelio gaisrą 1886 m. sudegė kunigui skirtas namas.
1891 m. vėl apsigyveno kunigas. Bažnyčia buvo Sedos parapijos filija. Klebonas S. Paulukevičius ją 1900 m. savo lėšomis perstatė. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia uždaryta, paversta sandėliu, o vėliau – malūnu. Apleistas pastatas 1988 m. rugsėjo mėn. grąžintas tikintiesiems. Klebono Algio Gedučio ir parapijiečių patangomis suremontuota.
1989 m. spalio 1 d. pašventinta.