Rumbonių dvaro savininkas Barnabas Kživkovskis 1741 m. pastatė medinę bažnyčią, 1742 m. įkūrė altariją. 1745 m. įkurta parapija. Varšuvos apeliacinio teismo pirmininkas Simas Vyšniauskas 1795 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią.
1823 m. pamokslai lietuviškai sakyti tik 2 kartus per metus. Po 1863 m. į Rumbonis paskirtas klebonas Augustinas Radzinskas (buvo iki mirties 1895 m.) katekizmo mokė ir pamokslus sakė lietuviškai. Vikaro, vėliau klebono Juozo Karužos (Rumbonyse 1895–1922 m.) rūpesčiu lenkų kalba bažnyčioje panaikinta. Giedota lietuviškai. Jis suremontavo bažnyčią, sutvarkė kapines. Bažnyčią 1913 m. puošė skulptorius Kazys Kriščiukaitis ir dailininkas Antanas Žmuidzinavičius.