Pastatytai bažnyčiai Jurgis Daujotas 1791 m. dovanojo 10 tūkst, auksinų ir 2 margus žemės. Paskirtas kunigas; koplyčia tapo Šiaulių parapijos filija. Bažnyčiai 1820 m. pakeisti sienojai. Giminei įamžinti statytojas bažnyčią pavadino savo dvaro – Daujotavos vardu. Po 1924 m. oficialiai įteisintas dabartinis pavadinimas.
1930 m. įsteigta parapija. Pirmojo Polekėlės klebono Oželio (čia klebonavusio 35 m.) iniciatyva bažnyčia suremontuota, apdengta skarda. 1939 m. kovo 2 d. sudegė, liko tik medinė varpinė. Pradėta statyti mūrinė bažnyčia iki karo neužbaigta. Ji pastatyta tik 1977 m.