Labaukštus (Pašaltuonį) 1755 m. Andrius ir Felicija Jasenskiai dovanojo Senųjų Trakų benediktinų vienuolynui. 1756 m. dvarininkas Janavičius pastatė bažnyčią. Ji 1805 m. sudegė. Dėl 1806 m. nederliaus atstatinėti nepradėta. 1832 m. vienuolynas ir bažnyčia uždaryti.
Vyskupas Motiejus Valančius, sužinojęs, kad bažnyčia neįrašyta į valstybės turtų inventorius, 1858 m. paskyrė kunigą. Bažnyčia suremontuota. Buvusi vienuolyno žemė 1840 m. išdalyta valstiečiams. Vieną sklypą valstiečiai skyrė kunigui ir už jį iki 1858 m. mokėjo mokesčius. Kunigo Vrublevskio ir parapijiečių rūpesčiu 1890 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia (buvo Gaurės parapijos filija).