Pajevonyje 1586 m. pastatytai bažnyčiai skirta 9 valakai žemės. 1600 m. dar duota 12. Iš jų sudarytas Salicininkų dvarelis, kurį iki 1797 m. valdė klebonas. 1674 m. minima apleista medinė bažnyčia.
1736 m. pastatyta nauja. XVIII a. pabaigoje veikė parapinė mokykla. 1842 m. pastatyta šiaudais dengta mūrinė bažnyčia. 1875 m. pristatytos 2 koplyčios ir frontonas su 2 bokštais. Klebonas Tomas Senkus (1817–1901) už raginimą dalyvauti sukilime 1863 m. ištremtas į Vologdos guberniją. 1871 m. jam leista grįžti į Kuršą, 1884 m. – į Lietuvą. Iki 1886 m. suburtas bažnytinis choras, giedojęs lietuviškai.
1914 m. Vokietijos kareiviai bažnyčią susprogdino. Liko apirusios sienos ir dalis bokšto. Kunigo Mato Sakavičiaus rūpesčiu 1928 m. bažnyčia atstatyta, panaši į sugriautąją. Tačiau 1944 m. rugsėjo 1 d. traukdamasi Vokietijos kariuomenė susprogdino bažnyčios bokštus, apgriauta ir pati bažnyčia. Gali būti, kad tokius vokiečių veiksmus lėmė bažnyčios padėtis – ji pastatyta aukštumoje, iš jos bokštų lengva apšaudyti besitraukiančią kariuomenę.
Klebonas Vincas Jalinskas (Pajevonyje iki 1983 m.) 1968 m. bažnyčią atstatė. Vietoj bokštų pastatytas portikas. Bažnyčios remontui aukojo ir JAV lietuviai.