Mielagėnuose 1760 m. pastatyta medinė vieša koplyčia arba bažnyčia. Justina Kublickienė, vykdydama savo mirusio vyro valią, 1779 m. miestelyje, netoli bažnyčios, paskyrė sklypą naujai mūrinei bažnyčiai, vargonininkui ir mokyklai. Klebonijai duotas Svilo, arba Milašiaus, palivarkas. Įsteigta parapija.
1790 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Paveikslus tapė dailininkas Vincas Smakauskas (1797–1876). 1858 m. Kublickai kapinėse pastatė mūrinę koplyčią. XIX a. veikė parapinė mokykla. Vilniaus vyskupai XIX a. į Mielagėnus skirdavo kunigus lenkus. 1903 m. atvykęs klebonauti Placidas Šarkauskas išmokė parapijiečius lietuviškai melstis ir giedoti, atnaujino apleistą bažnyčią.
1913 m. įsikūrė „Ryto“ draugijos skyrius, kuriam 1914 m. valdžia neleido steigti bibliotekos – skaityklos. Nuo 1925 m. klebonavęs Karolis Gumbaragis (1885–1958) 1926 m. įkūrė Šv. Kazimiero draugijos skyrių, platino lietuvišką spaudą. Lenkijos administracijos persekiotas ir kalintas, po Antrojo pasaulinio karo ištremtas į Sibirą.
Mielagėnų Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios istorija kupina tikėjimo ir atsidavimo ženklų. Justinos Kublickienės dosnumas, skyrus žemę naujos bažnyčios statybai, atspindi gilią jos religingumą ir norą stiprinti bendruomenės dvasinį gyvenimą. Ši bažnyčia tapo ne tik maldos namais, bet ir mokymo centru, kur buvo ugdomas tikėjimas jaunimo kartoms. XIX amžiuje klebonų lenkų kilmė liudija apie Katalikų Bažnyčios veiklą įvairiose kultūrinėse aplinkose, o klebono Placido Šarkausko indėlis, mokant parapijiečius melstis ir giedoti lietuviškai, pabrėžia tautos dvasinio atsinaujinimo svarbą. Bažnyčios paveikslai, kuriuos kūrė Vincas Smakauskas, tikriausiai atspindi to meto religinę ikonografiją, perteikdami Biblijos istorijas ir šventųjų gyvenimus. Šiame kontekste galime prisiminti šv. Augustino žodžius: „Mūsų širdis nerimsta, kol neatrasta ramybė Dieve.“ Mielagėnų bažnyčia, kaip ir daugelis kitų šventovių, buvo vieta, kur žmonės ieškojo ir rasdo šią ramybę, stiprybę ir viltį. Kublickų pastatyta koplyčia kapinėse liudija apie jų tikėjimą amžinuoju gyvenimu ir prisikėlimu. Bažnyčios istorija yra gyvas liudijimas apie tikėjimo svarbą bendruomenės gyvenime, apie žmonių atsidavimą Dievui ir jų pastangas puoselėti dvasinį paveldą. Ji primena mums, kad tikėjimas yra ne tik asmeninis ryšys su Dievu, bet ir bendrystė, kuri jungia žmones ir formuoja bendruomenę.