Mielagėnuose 1760 m. pastatyta medinė vieša koplyčia arba bažnyčia. Justina Kublickienė, vykdydama savo mirusio vyro valią, 1779 m. miestelyje, netoli bažnyčios, paskyrė sklypą naujai mūrinei bažnyčiai, vargonininkui ir mokyklai. Klebonijai duotas Svilo, arba Milašiaus, palivarkas. Įsteigta parapija.

1790 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Paveikslus tapė dailininkas Vincas Smakauskas (1797–1876). 1858 m. Kublickai kapinėse pastatė mūrinę koplyčią. XIX a. veikė parapinė mokykla. Vilniaus vyskupai XIX a. į Mielagėnus skirdavo kunigus lenkus. 1903 m. atvykęs klebonauti Placidas Šarkauskas išmokė parapijiečius lietuviškai melstis ir giedoti, atnaujino apleistą bažnyčią.

1913 m. įsikūrė „Ryto“ draugijos skyrius, kuriam 1914 m. valdžia neleido steigti bibliotekos – skaityklos. Nuo 1925 m. klebonavęs Karolis Gumbaragis (1885–1958) 1926 m. įkūrė Šv. Kazimiero draugijos skyrių, platino lietuvišką spaudą. Lenkijos administracijos persekiotas ir kalintas, po Antrojo pasaulinio karo ištremtas į Sibirą.