Pirmąją medinę bažnyčią apie 1500 m. pastatė Linkuvos dvaro savininkė Kotryna Mykolienė. Į Linkuvą paskirtą kunigą išlaikė dvarininkė, 1503 m. užrašiusi bažnyčiai žemės su 13 žmonių ir Karkliškių dvarą. Linkuva tapo parapija; paskirtas klebonas. Dvarininkei mirus, Linkuva atiteko Belozarams. Jie perėję į reformaciją nusavino katalikų bažnyčios turtą, o 1593 m. ir pačią bažnyčią, kurią atidavė reformatams. Upytės teismo (1606 m.) sprendimu Belozarai turėjo grąžinti katalikams bažnyčią su žeme ir kitu turtu.
1635 m. Žemaičių vyskupas Jurgis Tiškevičius Linkuvos bažnyčią su klebonija ir apie 30 valakų žemės atidavė karmelitams. Karmelitai 1661 m. pristatė bažnyčiai 2 bokštus, įrengė 7 altorius. 1689 m. pastatytas medinis karmelitų vienuolynas. Remontuota ir perstatyta bažnyčia 1745 m. konsekruota. Karmelitai 1754 m. pasistatė mūrinį vienuolyną. Jam 1820 m. priklausė Pupiškio palivarkas ir Voronėlių kaimas. 1832 m. Rusijos valdžia vienuolyną uždarė, vienuolyno fondus nusavino, paliko 30 dešimtinių žemės.
1841 m. Linkuvoje gyveno 3 kunigai. Per 1874 m. miestelio gaisrą sudegė prieglauda, gerokai nukentėjo parapijos ūkiniai pastatai. Klebonas Pranciškus Jasenskis atstatė ūkinius trobesius, suremontavo bažnyčią. Klebono Izidoriaus Gudavičiaus remiamas 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius, kuriam 1913 m. valdžia neleido įsteigti bibliotekos – skaityklos. 1915 m. į Rusiją išvežti 3 varpai. 1925 m. įsigyti 2 nauji. 1919 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa.
Liudvikas Šiaučiūnas 1886–1891 m. buvo Linkuvos vikaras, 1914–1937 m. klebonas. Jis platino lietuvišką draudžiamą spaudą, mokė parapijiečius skaityti, per Pirmąjį pasaulinį karą daug padėjo okupantų skriaudžiamiems žmonėms, įsteigė Linkuvoje dviklasę mokyklą, 1918 m. – „Saulės“ gimnaziją. Vykstant Nepriklausomybės kovoms organizavo partizanus, rėmė įvairių organizacijų kultūrinę veiklą. 1927–1934 m. jo rūpesčiu suremontuota bažnyčia (iškirstos dvejos durys, pertvarkyti ir pagražinti altoriai).
1928 m. klebonas L. Šiaučiūnas paskelbtas garbės kanauninku (mirė 1939 m.; palaidotas šventoriuje). Kunigas kanauninkas Jurgis Danys (1898–1977) 1927–1933 m. buvo Linkuvos vikaras, nuo 1937 m. Linkuvos klebonas. 1949–1956 m. ištremtas į Potmos koncentracijos stovyklą. Grįžęs gyveno Linkuvoje. Iš pradžių klebonavo, vėliau altarista. Palaidotas šventoriuje.
1974–1982 m. Linkuvoje klebonavo prelatas Leopoldas Pratkelis (1912–1983), 1950–1956 m. Sibiro tremtinys; liturginės komisijos narys, liturginės konstitucijos vertėjas; Panevėžio vyskupijos kapitulos pirmininkas. Palaidotas šventoriuje.
Nuo seno Linkuva garsėja bažnyčios globėjos Švč. Mergeles Marijos Škaplierinės atlaidais. Jie trukdavo visą savaitę (liepos 16 – liepos 23 d.).