1421–1842 m. Lieplaukė buvo Žemaičių vyskupo valda. Bažnyčia minima nuo 1613 m. Nauja bažnyčia pastatyta 1621 m. (buvo Alsėdžių parapijos filija). Ją 1627 m. sudegino Švedijos kariuomenė. 1673 m. atstatyta. 1766 m. bažnyčiai skirti 2 valakai žemės.
1844 m. įkurta parapija. Parapijiečių lėšomis 1861–1862 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Ją 1882 m. konsekravo vyskupas Aleksandras Beresnevičius. Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai išsivežė 2 varpus.