Žemaičių kaštelionas Adolfas Lackis 1639 m. Lapėse pastatė mūrinę bažnyčią, paskyrė kunigui pyliavą iš Lapių dvaro ir dovanojo Masteikių kaimą; įkurta parapija. Vėlesni Lapių savininkai bažnyčios nerėmė. 1732 m. ji tapo Karmėlavos filija. 1755 m. atimtas ir Masteikių kaimas.
1893 m. prašyta valdžios leisti padidinti bažnyčią. Po pakartotinių prašymų leidimas gautas tik 1898 m. Kunigas Andrius Rakauskas su parapijiečiais 1899 m. bažnyčią atnaujino ir padidino. Iki 1908 m. bažnyčioje įrengti Šv. Kazimiero ir Šv. Juozapo vitražai (aut. Vladislovas Pšibitnevskis). Tik 1926–1928 m. bažnyčioje pamaldos pradėtos laikyti lietuviškai. Apie 1935 m. klebonas Jonas Juodeika prie pradžios mokyklos įsteigė biblioteką – skaityklą.