Senovėje 2 km nuo Kriklinių, Moliūnų dvaro piliakalnyje, miškuose, stovėjo koplytėlė, į kurią vykdavo melstis ir Kriklinių žmonės. Po kiek laiko koplytėlė perkelta į Kriklinius. Retkarčiais atvykdavo iš Pumpėnų karmelitas ir laikydavo pamaldas. Pirmoji medinė bažnyčia vietos gyventojų rūpesčiu pastatyta 1781 m. Ji buvo Pumpėnų parapijos filija. XIX a. veikė parapinė mokykla.
1897 m. bažnyčia perstatyta ir padidinta, pristačius šonuose po koplyčią. Pastatyta varpinė. 1926 m. įkurta parapija. 1948 m. klebonas F. Zinevičius ir vargonininkas B. Merfeldas apkaltinti partizanų rėmimu ir suimti. Klebonas Pranciškus Masilionis (1902–1980) bažnyčią suremontavo.