Vilijampolėje po Pirmojo pasaulinio karo prelatas Povilas Januševičius įkūrė (ir šelpė) Vaikelio Jėzaus draugiją našlaičiams globoti ir auklėti. Buvusiose arklidėse įrengė prieglaudą, įsteigė pradžios ir amatų mokyklas, dirbtuves, VIII forte – vaikų su psichikos sutrikimais mokyklą-izoliatorių.
1932 m. pastatyta medinė bažnyčia (statyba daugiausia rūpinosi klebonas Juozapas Dagilis), įkurta parapija. Jai priklausė vaikų prieglauda, vidurinė amatų mokykla. Buvo 2 vaikų darželiai (steigėjai kunigas Juodeika ir Kazimieras Murikevičius), vieną tvarkė seselės benediktinės, kitą – Šv. Vincento Paduviečio draugija.
Vilijampolėje gyveno altarista Kazimieras Žitkus (1893–1986), poetas, rašęs Vinco Stonio slapyvardžiu, 1953–1959 m. Kauno kunigų seminarijos rektorius, nuo 1958 m. Kauno kapitulos kanauninkas.
Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia įrengta mūriniame 2 aukštų name. 1974 m. Kauno vykdomojo komiteto sprendimu iš bažnyčios atimta dalis šventoriaus ir pastatytas kino teatras.