Apie 1600 m. pastatyta medinė koplyčia. Ji minima 1669 m. Jūžintų dvaro savininkas Gediminas Rajeckas 1695 m. pastatė medinę bažnyčią, įkurdino reguliariuosius atgailos kanauninkus.
Jiems 1695 m. dovanotas Nabagiškio palivarkas. Prie bažnyčios veikė Šv. Barboros brolija, 1761 m. suburta vienuolio kunigo Tado Plakevičiaus, kuris parašė ir kelių leidimų sulaukusią „Patronkaj szciesliwos smerties Barboraj Swentaj karunką”. 1783 m. įkurta parapija. Dvaro savininkas Mykolas Veisenhofas (Weisenhof) 1792 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią.
Bažnyčia buvo pašventinta 1799 m. šv. arkangelo Mykolo titulu. Rusijos valdžia 1832 m. vienuolyną uždarė. Spaudos draudimo metu Jūžintuose veikė slapta mokykla. Mokykloje mokė Agota Raugytė ir Uršulė Raugytė, mokėsi 5 berniukai ir 6 mergaitės. Greta lietuvių kalbos nebuvo mokoma jokių kitų kalbų. XIX a. pab. ir XX a. pr. Jūžintai – draudžiamos lietuvių spaudos platinimo centras.
Bažnyčios varpai 1915 m. išvežti į Rusiją. Klebonas St. Žulys (Jūžintuose 1933–1944 m.) pastatė kleboniją, ūkinius trobesius, prieglaudą, suremontavo bažnyčią, 1938 m. nupirko plieninį varpą. Vargonai remontuoti 1938 ir 1947 m. Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia apnaikinta, 1958 m. suremontuota.
1972–1986 m. bažnyčioje klebonavo Pabaikalės ir Bauskės tremtinys Antanas Mitrikas.