Gali būti, kad Jiezne bažnyčia pastatyta dar XVI amžiuje. 1611 m. minima evangelikų reformatų bažnyčia, 1640 m. – katalikų bažnyčios inventorius. 1643 m. klebonui dovanojami 2 palivarkai, įsipareigojama pastatyti mūrinę bažnyčią. 1655 m. ji buvo mūrijama, 1670 m. konsekruota. 1645 m. Steponas Kristupas Pacas įrengė prieglaudą. XVIII a. pabaigoje įsteigta parapinė mokykla.
Antano ir Teresės Pacų iniciatyva 1768–1772 m. bažnyčia padidinta ir išpuošta freskomis (pastatyti 2 bokštai, presbiterija ir dvi šoninės zakristijos). Antrą kartą bažnyčia konsekruota 1772 m., o 1794 m. Rusijos kareivių apiplėšta. Įtrūkus bažnyčios skliautams, 1872 m. valdžia leido remontuoti ir 1876 m. restauravimo darbams skyrė 4000 rublių. Po 1876 m. restauruota sieninė tapyba. Po Antrojo pasaulinio karo Jiezno klebonas Vincentas Vaičiulis suimtas ir ištremtas į Sibirą. Grįžęs į Lietuvą 1960 m. mirė Jiezne.
1974–1988 m. klebonas Bronius Bulika (1923–1988) atnaujino bažnyčią, sutvarkė aplinką, šventoriuje pastatė kryžių (prie jo palaidotas). Pasižymėjo nuoširdumu, gerumu, sakė gilius ir prasmingus pamokslus.