Prienų seniūnas grafas Mykolas Butleris 1781 m. pradėjo statyti bažnyčią. Statybą tęsė jo įpėdinis Kazimieras Sapiega. 1783 m. bažnyčia tapo Marijampolės parapijos filija. 1823 m. Igliaukoje gyveno 2, o 1844 m. – 3 marijonai kunigai. Vėliau marijonai pasistatė dviaukštį namą. Marijonas kunigas Juozapas Gegužinskas (1821–1887) apkaltintas lankęs miške sukilėlių būrį. Už tai 1863 m. areštuotas, 1864 m. ištremtas į Sibirą. Jam 1871 m. leista grįžti į Kuršą. Valdžia 1864 m. vienuolyną uždarė (pastatas 1915 m. sudegė).
1882–1884 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1884 m. konsekravo pavyskupis Juozapas Olekas. 1906 m. pabaigoje įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas Jonas Katilius), 1907 m. įsteigęs mokyklą, biblioteką – skaityklą, nuo 1909 m. rengęs viešus lietuviškus vakarus su vaidinimais. 1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Jis taip pat rengdavo viešus vakarus. Nuo 1909 m. klebonu tarnavo Juozas Sriuoginis.
1915 m. bažnyčia sudegė, susprogdintas jos bokštas. Po 1921 m. bažnyčia suremontuota (rūpinosi kunigas K. Tumosa), atstatytas žemesnis bokštas. Vienuolyno rūmai suremontuoti, paversti klebonija. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčią (iki 1976 m.) suremontavo klebonas Alfonsas Svarinskas. Įdėtos naujos grindys, įvestas šildymas.