Iš nugriautos Nemunėlio Radviliškio bažnyčios medžiagos kaimo kapinėse 1856 m. pastatyta koplyčia. Valstietis Lukas Kaziūnas, 1886 m. gavęs leidimą remontuoti koplyčią, senąją nugriovė ir pastatė naują, nepaisydamas policijos įspėjimų. Koplyčią 1888 m. pašventino Biržų klebonas Juozapas Rimkevičius. Valdžia siūlė koplyčią uždaryti, o kunigą J. Rimkevičių ir L. Kaziūną nubausti 50 rublių. Vidaus reikalų ministras įsakė koplyčią apleisti. Pamaldos joje leistos laikyti tik už mirusiuosius ir per atlaidus. Geidžiūnuose apie 1915 m. apsigyveno kunigas Juozas Janulionis (1892–1974). Jo rūpesčiu 1917 m. padidinta koplyčia (tapo filija), įrengtas naujas altorius, pastatyta klebonija.
1937 m. suremontuota 4 registrų fisharmonija. 1939 m. gruodžio 23 d. įkurta parapija. Po Antrojo pasaulinio karo apie 30 metų čia klebonavo Leonardas Skardinskas (1916–1989). Klebonas Petras Liepa (1907–1953) 1949 m. suimtas, ištremtas į Sibirą, ten žuvo.