Manoma, kad Dauguose bažnyčią pastatė Lietuvos didysis kunigaikštis Vytautas (iki 1430 m.). Jai skirta dešimtinė iš Daugų, Alytaus ir Perlojos dvarų. Manoma, kad bažnyčia buvo miestelio šiaurės rytų pakraštyje. 1503 m. Lietuvos didysis kunigaikštis Aleksandras patvirtino Vytauto raštus ir papildė turtą. Karalienė Bona 1555 m. rėmė prieglaudos ir prie jos Šv. Petro bažnyčios statybą. Manoma, kad per 1561–1566 m. karus prieglauda sudegė (1570–1572 m. atstatyta). 1655 m. bažnyčia sudegė (iki 1674 m. atstatyta).
1766 m. bažnyčia buvo medinė, su bokšteliu, prie jos – klebonija. Atstatyta ir Šv. Petro bažnyčia. Apie 1776 m. parapijos bažnyčia sudegė. Pamaldos perkeltos į Šv. Petro bažnyčią. Pradėta statyti nauja, 1786 m. pastatyta iki langų. Mirus fundatoriui statyba neužbaigta, medžiagos išvogtos. Iš Pivašiūnų 1806 m. perkelta medinė bažnyčia ir pastatyta Daugų parapinė.
1814 m. pastatyta nauja prieglauda, 1816 m. – 3 aukštų varpinė. 1829 m. Šv. Petro bažnyčia buvo apgriauta (be stogo). 1838 m. klebono jurisdikcijoje buvo 20 namų. 1852 m. balandžio 12 d. bažnyčia sudegė. Pagal architekto T. Tišeckio projektą 1858–1862 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Jis įsteigė arbatinę.
1914–1928 m. Dauguose klebonavo Vilniaus krašto lietuvybės stiprintojas, Nepriklausomybės akto signataras Vladas Mironas, vėliau – vargšų ir nelaimingųjų globėjas kunigas Napoleonas Sabaliauskas.
1940–1946 m. klebonavo kanauninkas Povilas Bakšys (1962–1973 m. Kaišiadorių vyskupijos valdytojas). Daugų parapijos klebonas ir Žilinų administratorius Petras Liutkus (1904–1946) po Antrojo pasaulinio karo buvo suimtas ir ištremtas į Vorkutą. Čia 1946 m. mirė. Vikaras Petras Jakulevičius (1910–1975) 1948–1950 ir 1953–1969 m. kalėjo (grįžo išprotėjęs).
Daugų Dievo Apvaizdos bažnyčios istorija – tai tarsi ilga malda, kupina tiek džiaugsmo, tiek kančios, atspindinti tikėjimo stiprybę ir atkaklumą. Vytauto Didžiojo iniciatyva statyta bažnyčia, gausiai remta ir vėlesnių valdovų, simbolizuoja Dievo Apvaizdos rūpestį, nes nepaisant gaisrų ir karų, ji vis atgimė iš pelenų. Švento Petro bažnyčios statyba ir atstatymas prie prieglaudos liudija apie krikščionišką gailestingumą ir rūpestį vargstančiaisiais, atspindintį Jėzaus Kristaus žodžius: „Aš buvau alkanas, ir jūs mane pavalgindinote; buvau ištroškęs, ir jūs mane pavaišinote.“ (Mt 25,35). Kiekvienas gaisras, kiekvienas atstatymas – tai metafora apie tikėjimo išbandymus ir pergalę, apie nuolatinį atgimimą ir viltį, kurią neša tikėjimas. Galime įsivaizduoti, kaip per šimtmečius bažnyčios sienos girdėjo tūkstančių maldų aidą, liudijo apie žmonių džiaugsmą ir skausmą, tikėjimą ir abejones. Ši bažnyčia – ne tik akmenų krūva, bet ir gyvas tikėjimo liudijimas, vieta, kur žmonės ieškojo ir randa dvasinės stiprybės, Dievo artumo ir ramybės. Jos istorija primena mums, jog tikėjimas yra kaip neblėstantis žiburys, apšviečiantis net ir tamsiausias gyvenimo akimirkas. Kaip rašė Augustinas: „Mylėk ir daryk, ką nori.“ Daugų Dievo Apvaizdos bažnyčios istorija – tai meilės ir tikėjimo liudijimas, tęsiantis iki šių dienų.