Manoma, kad Dauguose bažnyčią pastatė Lietuvos didysis kunigaikštis Vytautas (iki 1430 m.). Jai skirta dešimtinė iš Daugų, Alytaus ir Perlojos dvarų. Manoma, kad bažnyčia buvo miestelio šiaurės rytų pakraštyje. 1503 m. Lietuvos didysis kunigaikštis Aleksandras patvirtino Vytauto raštus ir papildė turtą. Karalienė Bona 1555 m. rėmė prieglaudos ir prie jos Šv. Petro bažnyčios statybą. Manoma, kad per 1561–1566 m. karus prieglauda sudegė (1570–1572 m. atstatyta). 1655 m. bažnyčia sudegė (iki 1674 m. atstatyta).
1766 m. bažnyčia buvo medinė, su bokšteliu, prie jos – klebonija. Atstatyta ir Šv. Petro bažnyčia. Apie 1776 m. parapijos bažnyčia sudegė. Pamaldos perkeltos į Šv. Petro bažnyčią. Pradėta statyti nauja, 1786 m. pastatyta iki langų. Mirus fundatoriui statyba neužbaigta, medžiagos išvogtos. Iš Pivašiūnų 1806 m. perkelta medinė bažnyčia ir pastatyta Daugų parapinė.
1814 m. pastatyta nauja prieglauda, 1816 m. – 3 aukštų varpinė. 1829 m. Šv. Petro bažnyčia buvo apgriauta (be stogo). 1838 m. klebono jurisdikcijoje buvo 20 namų. 1852 m. balandžio 12 d. bažnyčia sudegė. Pagal architekto T. Tišeckio projektą 1858–1862 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. 1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Jis įsteigė arbatinę.
1914–1928 m. Dauguose klebonavo Vilniaus krašto lietuvybės stiprintojas, Nepriklausomybės akto signataras Vladas Mironas, vėliau – vargšų ir nelaimingųjų globėjas kunigas Napoleonas Sabaliauskas.
1940–1946 m. klebonavo kanauninkas Povilas Bakšys (1962–1973 m. Kaišiadorių vyskupijos valdytojas). Daugų parapijos klebonas ir Žilinų administratorius Petras Liutkus (1904–1946) po Antrojo pasaulinio karo buvo suimtas ir ištremtas į Vorkutą. Čia 1946 m. mirė. Vikaras Petras Jakulevičius (1910–1975) 1948–1950 ir 1953–1969 m. kalėjo (grįžo išprotėjęs).