Karalius Žygimantas Augustas 1539 m. paskelbė dokumentą apie Baisogalos parapijos steigimą, bažnyčiai dovanojo 50 valakų žemės. Manoma, kad prieš tai buvo koplyčia be kunigo. Antroji medinė bažnyčia (kryžiaus plano) pašventina 1637 m., sudegė 1774 m. Ją atstojo laikina pastogė ant sudegusios bažnyčios pamatų. Bažnyčia 1781 m. atstatyta ir pašventinta.
1795 m. įkurta altarija. Bažnyčiai 1806 m. priklausė Januškonių ir Piepalių kaimai. Vidaus reikalų ministras 1877 m. leido Baisogalos dvaro sodybos savininkui Vladui Komarui statyti naują mūrinę bažnyčią (jos sąmatinė vartė 28 653 rb). Ji 1882 m. pastatyta ir vyskupo Mečislovo Paliulionio konsekruota.