Pakapėje dvarininkas Antanas Koscialkovskis 1794 m. pastatė medinę bažnyčią su bokšteliu. Pakapę sūnaus Aloyzo garbei pavadino Alizava. Filialistas kunigas Jonas Bžestovičius 1853–1856 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Kunigas Ferdinandas Ūselis 1872 m. pastatė naują kleboniją, perstatė ūkinius trobesius, užveisė vaismedžių sodą.
1900 m. patvirtintas bažnyčios rekonstrukcijos projektas, pastatyti bokštai. 1905 m. padidintos kapinės. 1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
Per Pirmąjį pasaulinį karą bažnyčia apgriauta. Kurato kunigo Kazimiero Mockaus (Alizavoje 1909–1921 m.) rūpesčiu bažnyčia suremontuota. Kuratas kunigas Felicijonas Lialis (1923–1927) nupirko varpą, suremontavo ūkinius pastatus. Kunigas J. Savukaitis pertvarkė altorius, 1938 m. įsteigė knygynėlį.