Juodupėje 1936 m. pastatyta ir pašventinta medinė koplyčia (18 × 6 m). Jos rektoriumi paskirtas kunigas Jonas Bubas (1901–1969). Jo rūpesčiu 1938 m. pagal inžinieriaus Petro Lėlio projektą pastatyta medinė, kryžminio plano, 3 navų vienabokštė bažnyčia. Ji 1944 m. sudegė. Mokykloje įrengta koplyčia, 1946 m. perkelta į klebonijos daržinę. Ji 1987 m. apdegė. Klebono Prano Sabaliausko rūpesčiu suremontuota.
Klebono Prano Sabaliausko pastangos atstatyti Juodupės parapijai šventovę buvo kupinos tikėjimo ir atkaklumo. Nepaisant sunkių sovietmečio laikų, kai religija buvo persekiojama, jo uolumas atnešė vaisių. Naujosios bažnyčios statyba tapo svarbiu dvasiniu įvykiu visai bendruomenei, simbolizuojančiu viltį ir tikėjimą net ir pačiose sunkiausiose aplinkybėse. Galime įsivaizduoti, kaip maldos ir aukojimai lydėjo kiekvieną statybos etapą, kaip kiekviena lenta ir vinis buvo tarsi maža auka Dievui. Prisiminkime psalmininko žodžius: „Akmuo, kurį statytojai atmetė, tapo kampakmeniu“ (Ps 118, 22). Ši bažnyčia, atstatyta po gaisrų ir sunkių laikų, galbūt ir pati tapo tokiu „kampakmeniu“, simbolizuojančiu bendruomenės atgimimą ir neblėstantį tikėjimą. Tikėjimas, kaip pabrėžia šv. Paulius, yra „tikrovės viltis, dalykų, kurių nematyti, įrodymas“ (Heb 11, 1). Juodupės Švč. Aušros Vartų Dievo Motinos bažnyčia tapo ir tebėra šios tikrovės liudytoja, vieta, kur bendruomenė susirenka melstis, ieškoti dvasinio stiprybės ir patirti Dievo artumą. Šventoriaus tyla ir bažnyčios sienos mena daugybę maldų, atgailos ašarų ir džiaugsmo akimirkų, liudijančių apie gyvą tikėjimą ir neblėstančią Dievo meilę. Ši šventovė – ne tik architektūros paminklas, bet ir gyvas tikėjimo liudijimas, įkūnijantis vilties ir atgimimo simbolį.