Ant dovanotos žemės Sapiegiškio dvare 1578 m. pastatyta Zapyškio bažnyčia. Jos fundatorius – to meto Zapyškio valdytojas, Naugarduko vaivada Povilas Sapiega. Senoji bažnyčia 1666 ir 1698 m. konsekruota (iki tol gerokai remontuota). 1667 m. minima parapinė mokykla. Iki 1794 m. Zapyškis priklausė Žemaičių vyskupijai. XVII a. pradžioje šiaurinėje pastato dalyje pristatyta nedidelė zakristija. 1744 ir 1763 m. bažnyčia remontuota: paaukštinta, pristatyta zakristija, įrengtas altorius. 1812 m. po karo pastatą apnaikino čia stovėjusi prancūzų kariuomenė. Po 1812 m. pagrindinio fasado centre pastatyta medinė varpinė su bokšteliu (1912 m. nugriauta).
Nuo 1901 m. bažnyčioje pamaldos nelaikomos. Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai išardė vargonus, pasiėmė vamzdžius. 1920 m. dailininkas A. Presas surinko ir paskelbė medžiagą apie bažnyčią, atliko kai kuriuos remonto darbus. Bažnyčia 1923 m. restauruota, 1936 m. joje buvo bažnytinių daiktų sandėlis. 1946 m. Nemuno potvynis nugriovė bažnyčios rytinę dalį, sugriauta presbiterija, išversti apie bažnyčią augę seni gluosniai. 1953–1959 m. bažnyčia atstatyta pagal architekto A. Umbraso projektą ir vadovaujant architektui Kaminskui, 1969 ir 1979 m. remontuota. Dabar pamaldos nevyksta.
Klebono Kazio Valaičio rūpesčiu toliau nuo Nemuno 1908–1913 m. mūryta nauja bažnyčia. Traukdamasi Rusijos kariuomenė 1915 m. pastatą sugriovė. Ant tų pačių pamatų 1939–1942 m. pastatyta mažesnė bažnyčia.