1992 m. nupirktas vaikų darželis, jame įrengta bažnyčia, Zapyškio parapijos filija. 1992 m. balandžio 19 d. (per Šv. Velykas) atlaikytos pirmosios Šv. Mišios.
Ežerėlio Šv. Antano Paduviečio bažnyčios istorija prasidėjo neįprastai – 1992 metais, per Šv. Velykas, pirmosios šv. Mišios buvo aukojamos buvusiame vaikų darželyje. Šis netikėtas pastato paskirties pakeitimas liudija apie gyvą tikėjimą ir bendruomenės ryžtą net ir sudėtingomis aplinkybėmis. Šv. Antonas Paduvietis, žinomas kaip stebuklų darintojas ir ramybės skleidėjas, tapo tinkamu globėju šiai mažai, bet tikinčiųjų širdyse didelei bendruomenei. Jo gyvenimas, kupinas atsidavimo Dievui ir artimui, tikriausiai įkvėpė pasirinkti jį kaip bažnyčios globėją. Galbūt bendruomenė siekė, kad Šv. Antonas Paduvietis, žinomas dėl savo maldos ir tarnavimo, padėtų jiems sukurti taiką ir dvasinę ramybę šioje naujoje maldos vietoje.
Prisiminkime Švento Rašto žodžius iš Mato evangelijos: „Kur susirinkę du ar trys mano vardu, ten ir aš būsiu tarp jų“ (Mt 18, 20). Ežerėlio bažnyčia, nors ir kukli savo išorės apraiškomis, tampa vieta, kur šie žodžiai įgyja ypatingą prasmę. Ji simbolizuoja tikėjimo gyvybingumą ir Dievo buvimą net ir mažiausiose bendruomenėse. Bažnyčios istorija, prasidėjusi buvusiame vaikų darželyje, liudija apie tikėjimo lankstumą ir gebėjimą prisitaikyti prie aplinkybių, primindama mums, kad Dievo namus galima sukurti bet kur, kur yra atvira širdis ir tikėjimas. Ši vieta, nors ir neįprasta savo kilme, tampa dvasinio atsinaujinimo ir bendrystės simboliu.