Viešintų bažnyčiai 1787 m. dovanoti 6 valakai žemės. 1794 m. pastačius kleboniją įsteigta parapija. Nors 1796 m. vizitacijoje teigiama, kad bažnyčia statyta 1790 m., tačiau, matyt, buvo suremontuota tik sena koplyčia. 1818 m. Kupiškio dekanas uždarė apgriuvusią bažnyčią.
1820 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia, 1872 m. – klebonija (vietoj sudegusios). 1879 m. valdžia leido statyti naują mūrinę varpinę, o bažnyčiai pristatyti zakristiją ir sandėliuką. Lietuviškos spaudos draudimo laikais klebonas Bronius Šlamas platino draudžiamą literatūrą.
Klebono Jurgio Rupkos rūpesčiu 1902–1906 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia (architektas Nikolajus Andrejevas). J. Korsako, Viešintose klebonavusio 1908–1925 m., iniciatyva įrengti 20 registrų vargonai. 1921 m. rugsėjo 2 d. bažnyčią konsekravo vyskupas Pranciškus Karevičius. 1926 m. varpinė pertvarkyta į koplyčią.
Petro Liepos (1896–1953), Viešintose klebonavusio 1936–1945 m., rūpesčiu 1940 m. išdažytas bažnyčios vidus. P. Liepa 1945 m. rudenį areštuotas; žuvo Karagandos lageryje.