Manoma, kad Vadoklių dvare XVIII a. pradžioje buvo pastatyta koplyčia. Dvaro savininkas Anupras Belozaras 1781 m. pastatė medinę bažnyčią. 1875–1902 m. klebonavęs Jonas Balvočius (1842–1915) 1876 m. padidino bažnyčią, pristatė šonines koplyčias, parapijos ūkinius trobesius. Jis rūpinosi labdara, švietimu, blaivybe, garsėjo gražiais pamokslais.
1907 m. įsteigta „Saulės“ draugijos mokykla (1910 m. pakeista valdine). Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai išsivežė 3 varpus. Klebono Juozo Remeikos ir kunigo Petro Margevičiaus rūpesčiu 1932 m. įkurta altarija. Klebonas Mykolas Jusys 1934 m. atnaujino ir išdažė bažnyčią. Per Antrąjį pasaulinį karą gerokai sužalota.
1947 m. stovėjo su pakrypusiu bokštu. Vėliau bažnyčia suremontuota, perstatytas bokštas.