Pirmoji bažnyčia pastatyta apie 1714 m. (tais metais Žagarės klebonas prašė Šiaulių ekonomo lentelių Skaistgirio bažnyčios stogui uždengti). Bažnyčia 1819 m. buvo uždaryta, nes galėjo sugriūti. Nauja (dabartinė) bažnyčia iš molio pastatyta 1827 m. (pirmosios pamaldos įvyko 1827 m. rugpjūčio 24 d.).
Skaistgirys nuo seno garsėjo Šv. Jurgio ir Šv. Martyno atlaidais. Nuo 1836 m. čia nuolat gyveno kunigas. 1905 m. įsteigta parapija.