Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1636 m. Antrąją 1680 m. pastatė M. Bergas. Jai dovanotas valakas žemės. Iš Šakynos seniūnijos klebonas gaudavo pinigų ir pyliavą.
1789–1790 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. Statyba vykdė ir rūpinosi savamoksliai Livonijos garbės kanauninkas klebonas J. Varanavičius (žmonių vadintas Varnu) ir valstietis Žvirblis. Jie pasistatė plytinę, degė plytas, rinko laukuose akmenis ir vadovavo bažnyčios statybai. Šakynos seniūnija 1797 m. dovanota grafui Lotrekui, kuris atsisakė šelpti kleboną ir apie 1815 m. atėmė valaką žemės. Teismo sprendimu 1816 m. žemė grąžinta, Šakynos savininkas įpareigotas remontuoti bažnyčią. 1822 m. bažnyčia remontuota, nuardytas stogas. Jį uždengti policija grafą priversti nepajėgė. XIX a. pradžioje veikė parapinė mokykla. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčios bokštas perstatytas.