Iki 1588 m. Kruonyje pastatyta stačiatikių cerkvė. Dvarininkas Teodoras Bogdanas Oginskis 1610–1626 m. Kruonyje pastatė pirmąją Lietuvoje unitų bažnyčią. 1628–1629 m. prie jos įsteigtas unitų vienuolynas. 1764 m. pastatyta katalikų bažnyčia. Iki 1775 m. unitų bažnyčia atiteko stačiatikiams. XVIII a. antrojoje pusėje – 1810 m. Kruonyje veikė stačiatikių vienuolynas. 1866 m. kapinėse buvusi katalikų bažnyčia uždaryta ir nugriauta.
1906 m. patvirtintas mūrinės bažnyčios projektas, bet jo atsisakyta ir 1907 m. pastatyta medinė bažnyčia. 1910–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius, kuris rengdavo viešus vaidinimus. 1910 m. vargonininkas P. Mažylis subūrė bažnytinį chorą, rinko liaudies dainas, užrašinėjo melodijas. 1913 m. įsteigtas Lietuvių katalikių moterų draugijos skyrius. Mūrinė unitų bažnyčia 1919 m. perduota katalikams. Medinės bažnyčios medžiaga 1925 m. panaudota parapijos salės ir prieglaudos statybai. Klebonas Petras Leskauskas (1903–1988) su parapijiečiais bažnyčią 1953–1956 m. suremontavo.