Po 1711 m. maro Kairių kapinėse pastatyta koplyčia. Popiežius Pijus VI 1792 m. sausio 3 d. bule Kairių koplyčiai paskelbė dvejus metinius atlaidus. Koplyčiai susenus, apie 1836 m. valstiečiai, remiami M. Zubovo, kitoje vietoje pastatė naują akmenų mūro koplyčią. Bažnytiniai reikmenys atvežti iš uždaryto Bazilionų vienuolyno. 1904 m. išplėsta, per Antrąjį pasaulinį karą apgriauta, 1959 m. atstatyta.
Po Pirmojo pasaulinio karo vadinama bažnyčia. Ją 1919 m. pabaigoje du kartus apiplėšė bermontininkai. Iki 1927 m. įsteigta parapija.