Kunigas Antanas Gelžinis gyvenamajame name įrengė altorių ir 1913 m. laikė pamaldas. Per Pirmąjį pasaulinį karą į Grūžius atvyko kunigas Mikalojus Šeižys-Dagilėlis. Jo rūpesčiu paremontuotas buvusio Kalneliškių (Didžiųjų Grūžių) dvaro svirnas ir jame laikytos pamaldos. Kunigo Juozapo Mazūro iniciatyva 1921–1924 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia (J. Skripkaus projektas).
1928–1932 m. įrengti altoriai. Parapijos administratoriaus kunigo Vincento Švagždžio rūpesčiu 1937 m. įrengtas didysis altorius (meistras Vladas Čižauskas), 1938 m. – nauji vargonai, pakabinti 2 varpai. Klebonas Alfonsas Kadžius 1949 m. rugsėjo 4 d. suimtas, kalintas Vorkutoje. Į Lietuvą grįžo 1957 m.
1996 m. rugpjūčio 25 d. bažnyčia sudeginta. Nauja bažnyčia įrengta nebaigtuose statyti kolūkio kultūros namuose 200 m² ploto su metaliniu 30 m aukščio bokštu (architektas Algirdas Mikėnas). Pagrindiniame altoriuje kryžiaus formos vitražus sukūrė dailininkas Artūras Rimkevičius. 2001 m. rugpjūčio 12 d. bažnyčią pašventino Panevėžio vyskupas Juozapas Preikšas.