Ignas Oginskis ir Elena Oginskienė 1765 m. skyrė lėšų bažnyčiai. Jai 1771 m. dovanoti 3 margai žemės. Bažnyčia buvo pastatyta 1778 m., buvo Salantų parapijos filija, o 1923 m. jai suteiktos parapijos teisės. 1923 m. įkurta parapija. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia sudegė. 1947 m. pastatyta nauja medinė.
1990 m. netoli senosios buvo pradėta statyti nauja bažnyčia, kurią projektavo architektas S. Stipinis ir inžinierius V. Žemaitis. Statybos pabaiga – 2000 m. Senoji Šv. Jono Nepomuko bažnyčia nustojo veikti 1995 m. Naujoji bažnyčia perėmė senosios pavadinimą.
Grūšlaukės bendruomenė per ilgus metus patyrė daug išbandymų, kai gaisrai naikino maldos namus, tačiau tikėjimas išliko stiprus. Įdomu tai, kad naujoji bažnyčia, pastatyta jau atgavus nepriklausomybę, tapo tarsi simboliniu tiltu tarp senųjų tradicijų ir šiuolaikinio žmogaus dvasinio gyvenimo. Šventasis Jonas Nepomukas čia simbolizuoja tiltą tarp žemiškojo gyvenimo ir Dievo ramybės. Nors bažnyčios pastatai keitėsi, šventojo globa išliko pastovi. Vietos gyventojai tiki, kad šis globėjas saugo kaimą nuo piktų kalbų ir nesantaikos, skatindamas kaimynus gyventi taikiai. Tai vieta, kurioje kiekvienas gali rasti tylą ir ramybę, ypač kai gyvenimo kelias tampa sudėtingas ar pilnas neaiškumų.