Apie 1600 m. dvarininkas Vaitiekus Gintautas pastatė medinę bažnyčią. 1614 m. jai dovanoti 6 valakai Gražiškių kaimo žemės, malūnas su tvenkiniu ir Sebastijoniškių, arba Gražupio, palivarkas su 3 valakais žemės. 1623 m. minima parapinė mokykla (1781 m. atkurta). Po 1745 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia (konsekravo Vygrių vyskupas Mykolas Pranciškus Karpavičius). Sunykusi bažnyčia 1865 m. nugriauta, iš Šunskų atvežta ir pastatyta laikina.
1877–1881 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1886 m. konsekravo pavyskupis Juozapas Olekas. Bažnyčios vidų išpuošė kunigas Jokūbas Rutkauskas. 1894 m. sudegė klebonija. 1900 m. bažnyčia remontuota, išdažyta. 1907 m. įsikūręs „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas P. Abromavičius) įsteigė biblioteką – skaityklą. 1925 m. įkurta pavasarininkų biblioteka – skaitykla. 1969 m. klebonas Vytautas Vaitauskas suremontavo bažnyčią ir kleboniją.