Apie 1797 m. Jonučiuose (2 km į šiaurės vakarus nuo dabartinės Garliavos) pastatyta bažnyčia, įkurta parapija, nes Užnemunė tuo laiku priklausė Prūsams, taigi teko tą vietą atskirti nuo Kauno parapijos, likusios rusų valdžioje. Aukštosios Fredos dvaro dvarininkas Juozas Godlevskis savo žemėje 1809 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. 1823 m. ją konsekravo Seinų vyskupas Čiževskis. 1826 m. rugpjūčio 15 d. buvo įkurta ir Garliavos parapija, o Jonučiuose liko parapijos kapinės.
Po 1863 m. sukilimo klebonas Kazimieras Vaišnora kalintas, 1865 m. policijos prižiūrimas. Už politinę neištikimybę vikaras Juozapas Bartusevičius (1826–1885) 1864 m. ištremtas į Sibirą, ten ir mirė. Vikaras Motiejus Radziukynas (1837–1912) 1865 m. ištremtas į Sibirą. Į Lietuvą grįžo 1875 m.
Po 1882 m. klebono Petro Budzeikos rūpesčiu bažnyčia padidinta, primūrytos dvi koplyčios. XX a. pradžioje veikė Gyvojo rožančiaus brolija. 1905 m. įsteigta parapijos biblioteka. Ją perėmė 1907 m. įsikūręs „Žiburio“ draugijos skyrius. 1907 m. įsteigta „Žiburio“ mergaičių mokykla, 1908 m. įsikūrusi naujose patalpose. 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius, taip pat įsteigęs biblioteką, rengęs viešus vaidinimus, įrengęs arbatinę, kepyklą. Bažnyčioje sumontuoti garsaus lietuvių meistro Jono Garalevičiaus pagaminti vargonai.
Per Pirmąjį pasaulinį karą vykstant mūšiams išsprogdinti bažnyčios bokštai, suskilo sienos, sudegė visi klebonijos pastatai. Iki 1923 m. bažnyčia suremontuota. Iki 1924 m. įkurtas Lietuvių katalikių moterų draugijos skyrius. Pagal architekto Stasio Kudoko projektą 1935 m. atstatyti bažnyčios bokštai.
Garliavoje daugiau kaip 50 metų kunigavo ir mirė klebonas Pranciškus Leonas (1892–1982). Klebonas Juozas Uleckas (1913–1985) suremontavo bažnyčią.