Eržvilkas iki 1842 m. priklausė Žemaičių vyskupams. 1528 m. pastatyta bažnyčia. Ją XVI a. antrojoje pusėje pasisavino evangelikai reformatai. Vyskupo Merkelio Giedraičio iniciatyva 1585 m. pastatyta nauja. Nuo to laiko iki XVIII a. vadinta Pašaltuonio bažnyčia. Ji po 1752 m. perstatyta. Bažnyčiai 1847 m. sudegus, šventoriuje pastatyta laikina.
1853 m. patvirtintas naujos medinės bažnyčios projektas, prašyta leisti statyti. Formaliai bažnyčia buvo Viduklės parapijos filija, nors vyskupas Motiejus Valančius 1854 m. teigė, kad ji veikia kaip parapinė. Bažnyčia 1855 m. pastatyta kitoje vietoje. Įsteigta parapija. 1902 m. bažnyčia pailginta, pristatytas bokštelis. 1908 m. įsteigta parapijos bibliotekėlė.
1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Klebonas Juozas Čepėnas apie 1980 m. bažnyčią suremontavo.