Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1635 m. Inventoriuje nurodyta 1642 m. veikianti medinė bažnyčia ir statoma mūrinė. Ji 1674–1677 m. dar nebuvo pastatyta. Karališkasis rotmistras Kazimieras Zaviša su žmona Kristina Mlečkaite XVII a. pabaigoje įrengė altariją. Bažnyčioje pamaldas XVIII a. laikydavo Kėdainių misijos jėzuitai. XVIII a. veikė parapinė mokykla. Bažnyčios inventoriuje 1807 m. minimi 7 registrų vargonėliai; 2 būgnai, 2 voltornos ir 2 dūdos.
1851 m. gautas leidimas pristatyti bokštą. Klebonas V. Mockus ir dvarininkas Titas Šniukšta 1902–1919 m. atstatė mūrinę bažnyčią. Parapijai priklausė Lančiūnavos ir Šventybrasčio filijos. Apytalaukyje klebonavęs Vincentas Rimkevičius (mirė 1934 m.) padėjo knygnešiams, rėmė „Tėvynės sargą". Už tai caro valdžios persekiotas ir baustas.