Gintališkės seniūnas Notėnų kapų koplyčiai 1789 m. dovanojo sklypą žemės, o vietoj koplyčios pastatė bažnyčią. Po kurio laiko Gintališkės klebonas persikėlė į Notėnus, kur gyveno iki 1853 m. Bažnyčia 1906 m. padidinta, pakeisti supuvę sienojai, pristatytas bokštas.
1929 m. įkurta parapija. Nuo 1977 m. Notėnų bažnyčią aptarnavo skuodiškis kunigas Stanislovas Vaitelis (1906–1990), (1949–1956 m. ištremtas; palaidotas šventoriuje). Jis išdažė bažnyčią, atnaujino jos stogą.