Klovainių (Krivaičių) dvaro savininkas Jeronimas Valavičius 1621 m. pastatė medinę bažnyčią. Jai 1624 m. dovanotas Beržinių kaimas, vėliau pakeistas į Laipuškių kaimą, turėjo jurisdiką miestelyje. 1625 m. įsteigta parapija, 1627 m. – parapinė mokykla. 1635 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Jurgis Tiškevičius. Klovainiuose nuolat gyveno 3 kunigai. 1690 m. įsteigta altarija. Nuo 1768 m. veikė Šv. Onos draugija, 1792 m. įsteigta Švč. Mergelės Marijos Paguodos draugija, 1908 m. – „Saulės“ draugijos mokykla. Kanauninko Domininko Staševskio rūpesčiu 1825 m. pastatyta parapinė mokykla.
1853–1854 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Ją klebonas Pranas Urbanavičius XX a. pradžioje išdažė, paauksavo altorius. 1916 m. vokiečiai išsivežė 2 varpus, 1925 m. įsigyti nauji. Klebonas Zenonas Karečka (1890–1952) per 10 m. bažnyčią perdengė, išdažė, įdėjo naujas grindis, suremontavo altorius, vargonus. Jis 1945 m. gruodžio 18 d. suimtas ir 1,5 m. kalintas Komijoje.