Vaidatonių dvarininkas Matas Minmantas 1797 m. pastatė bažnyčią. Jai 1801 m. paskirtas valakas žemės, įkurta parapija. Stulgiuose 1828–1829 m. vikaravo poetas ir vertėjas Antanas Savickis (apie 1782–1836). Vikaras Matas Veitas 1863 m. ištremtas į Archangelsko guberniją. 1867 m. bažnyčia buvo apgriuvusi ir gerokai remontuota.
Dabartinė mūrinė bažnyčia pagal Juzefo Pijušo Dziekonskio projektą už 70 000 rublių pastatyta 1910 m. Statyba rūpinosi klebonas Antanas Skinderis, populiarių knygelių autorius, periodinės spaudos bendradarbis.